R言語+シェルスクリプト+AWK

R言語の導入メモ

■導入環境：CentOS 5.6
パッケージをダウンロードしてインストール．それだけ．

# rpm -Uvh http://download.fedoraproject.org/pub/epel/5/i386/epel-release-5-4.noarch.rpm
# yum install R

How to Install R in CentOS 5.6 | Willington's Blog

R言語の実行は，コマンドで起動．

$ R

Windowsで実行可能かどうか不明だが，シェル上からR言語用のスクリプトを呼び出して実行可能．

$ Rscript test.R

Rscriptのコマンドにより，R言語用に作成したスクリプト "test.R" をシェル上から実行． "test.R" はR言語で使用したコマンド類をコピペで持ってきただけ．つまり，Rscriptコマンドを利用し，シェルスクリプトやawkなどを組み合わせることで一連の作業を一括で処理させるスクリプトが作成可能となる．

私が適当に作成したスクリプトは，

1. 手作業：R言語で使用する設定条件ファイルの書き換え
2. シェルスクリプト（awk）：設定条件ファイルを読み込み，R言語で実行するスクリプトの生成．
3. シェルスクリプト（Rscript）：R言語中でsink()などを用いて解析結果を個別に書き出し．
4. シェルスクリプト（awk）：grep等のコマンドと組み合わせ，設定条件ファイルの記入内容と一致する条件のファイルを読み込み，エクセルに解析データを渡すためタブ文字などを用いて出力の調整．

これら一連の処理はシェルスクリプトを実行するだけで完了．

R言語+シェルスクリプト+AWK

これらの使い方を知るまではエクセルで地道に作業してました．今ではコマンド1つで，自動生成→解析→結果格納→結果分析→Excel表示用データ整理が完了．条件の変更も容易にしたため，幅広いデータの解析が楽にできます．

可能な限り楽をしてなまけたい怠け者です．

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